Rīgas osta ir viena no retajām ostām Eiropā, kuras teritorijā atrodas vairāki aizsargājami dabas liegumi, kas kopā aizņem 75 ha no ostas platības. Tas padara Rīgas ostu par vienu no zaļākajām un videi draudzīgākajām ostām Eiropā, bet Rīgas Brīvostas pārvaldei uzliek pienākumu saimniekot ostā īpaši saudzīgi pret vidi un rūpēties par zaļo vērtību saglabāšanu.
Vides pārvaldību ostā Rīgas Brīvostas pārvalde nodrošina saskaņā ar ISO 14001 standarta prasībām. Atbilstoši augstajam standartam tiek veikts gaisa, gruntsūdens, gruntsnovietnes un ūdensputnu monitorings, kā arī kuģu radīto atkritumu apsaimniekošana un ostas termināļu drošības uzraudzība.
Arī Rīgas brīvostas pārvaldes ikdienas darbība notiek atbilstoši augstiem vides standartiem, ieviešot arvien “zaļākus”, ilgtspējīgākus un atbildīgākus saimniekošanas procesus - atbilstoši izstrādātajai energopārvaldības politikai tiek uzlabota energoefektivitāte un samazināts energoresursu patēriņš, notiek pāreja uz elektropiedziņas automobiļu izmantošanu, uz ēkām uzstādītie saules kolektori nodrošina videi draudzīgas enerģijas izmantošanu.
Rīgas ostas teritorijā atrodas divi aizsargājamie dabas objekti: dabas liegums Krēmeri un Mīlestības saliņa, kas ir daļa no Natura 2000 iekļautā dabas parka Piejūra. Par aizsargājamajām dabas teritorijām atbild Dabas aizsardzības pārvalde, bet Rīgas Brīvostas pārvalde ikdienā apsaimnieko abas teritorijas, nodrošina kārtību, vides aizsardzību un biotopu saglabāšanu. Ar Rīgas ostu tieši robežojas arī dabas liegums Daugavgrīva un dabas liegums Vecdaugava, kas jāņem vērā organizējot saimniecisko darbību Rīgas ostā un plānojot tās attīstību nākotnē.
Vides aizsardzības pasākumu ietvaros Rīgas Brīvostas pārvalde regulāri:
- uztur kārtībā, sakopj un labiekārto ostas teritoriju, tai skaitā dabas liegumu teritorijas;
- ligzdojošo ūdensputnu monitoringa ietvaros veic ikgadējos putnu populācijas apsekošanas un uzskaites pasākumus, lai novērtētu un analizētu izmaiņas putnu ligzdošanā, kā arī kontrolētu ostas darbības ietekmi uz ūdensputnu ligzdošanas biotopiem;
- atjauno agrāk pastāvējušas ūdensputnu ligzdošanas vietas un rada jaunas. Ir izveidotas ligzdošanai piemērotas mākslīgas saliņas un uzbūvēti plosti Mīlestības saliņā un dabas liegumā Krēmeri.
Dabas liegums Krēmeri
Krēmeri ir 15 ha liela pārpurvota teritorija, kas atrodas Daugavas kreisajā krastā lejpus Voleriem. Krēmeru dabas liegums ir nozīmīga putnu ligzdošanas vieta, kur sastopamas Latvijā īpaši aizsargājamas putnu sugas – lielais dumpis, niedru lija, Seivi ķauķis un somzīlīte. Pateicoties regulārai niedru izpļaušanai, ko Rīgas brīvostas pārvalde veic Krēmeru dabas liegumā, pēc ilgāka pārtraukuma šeit atkal sākuši ligzdot lielie ķīri.
Mīlestības saliņa
Mīlestības saliņa ir daļa no Natura 2000 iekļautā dabas parka Piejūra, kas dibināts 1962. gadā, un ir trešais vecākais dabas parks Latvijā. Tā ir purvaina, aptuveni 0,6 km2 liela sala, kas atrodas starp Buļļupi un Daugavu. Galvenās dabas bagātības Mīlestības saliņā ir tur dzīvojošie putni un īpaši aizsargājams biotops - pelēkā kāpa ar tai raksturīgajām retajām augu sugām. Mīlestības saliņā un tās ūdenstilpnēs uzturas apmēram 30 putnu sugu, no kurām daļa arī ligzdo mīlestības saliņas ezeriņos.
Rīgas Brīvostas pārvalde salā ir uzbūvējusi 12 metrus augstu putnu vērošanas torni "Knābis", no kura labi pārskatāma Daugava un tās ieteka jūrā, Bolderājas, Mangaļsalas un Ziemeļblāzmas apkaime, kā arī apkārt esošie mitrāji.