Neskatoties uz atkušņa iestāšanos un intensīvo sniega kušanu, Rīgas brīvostas teritorija šobrīd nav novērojama ūdens līmeņa celšanās un gluži pretēji - ūdens līmenis ir nokrities par 16 cm. Tomēr jāatzīmē, ka janvāra mēnesī, kā to rāda pieredze, ziemas vētru vējuzplūdu rezultātā ūdens līmenis Rīgas brīvostā aug straujāk nekā parasti. Šāda situācija rodas ziemeļu vēja rezultātā, kas Daugavas grīvā sapūš Rīgas jūras līča ūdens masas. Pēdējo reizi ūdens līmenis kritiskajam līmenim pietuvojās 2005. gada janvārī.
Iespējamajos plūdos dažādā pakāpē applūšanai ir pakļautas Rīgas brīvostas teritorijā atrodošies trīs dabas liegumi Krēmeri, Vecdaugava un Piejūras dabas parks, kā arī mikroliegumi, kas izveidoti sugu un dzīvotņu aizsardzībai. Tomēr saskaņā ar stratēģiskā ietekmes uz vidi novērtējuma atzinumu bez padziļinātas izpētes nav iespējams apgalvot, ka iespējamie plūdi apdraudētu īpaši aizsargājamās teritorijās un mikroliegumos esošās sugas un/vai biotopus. Saskaņā ar īpaši aizsargājamo teritoriju dabas aizsardzības plāniem periodiska applūšana šajās teritorijās ir vēlama, tādejādi nav pieļaujama tādu pretplūdu aizsargbūvju veidošana, kas pārtrauktu šo teritoriju periodisku applūšanu.
Tomēr ņemot vērā klimata pārmaiņu prognozes, kas paredz applūšanas varbūtības biežuma un apjoma pieaugumu, Rīgas brīvostas pārvalde veic virkni preventīvu pasākumu applūšanas radīto draudu risku mazināšanai. Regulāri tiek atjaunota ostas apziņošanas shēma, saskaņā ar kuru, informācija par plūdu draudiem nekavējoties tiek nosūtīta ostas atbildīgajām amatpersonām, kas sasauc Rīgas brīvostas pārvaldes ārkārtas situāciju darbu grupu. Saskaņā ar apziņošanas shēmu, Rīgas brīvostas pārvaldes atbildīgie dienesti informē terminālu aizsardzības virsniekus par ūdens attīrīšanas iekārtu un nosēdaku iztīrīšanu, kā arī par naftas produktu savākšanas iekārtu pasargāšanu no applūšanas draudiem, tādejādi mazinot vides piesārņojuma riskus.